То что почесаться пытается - это нормально. А вот то, что скулит в это время, то, возможно, ему больно. Может быть поранился где-то и за шерстью это не видно?
Бывает еще такое, что поранился, а потом ранка заживает и чешется от этого. Как и царапины и ранки у человека, когда заживают, то начинают чесаться.
Во время линьки ведь еще больше собаки чешутся. Но когда в одном и том же месте, то надо просто под шерстью все очень хорошо обследовать. Что там такое.